ردیابی باکتریpseudomonas syringae با استفاده از pcr و بررسی امکان تشخیص آن بر اساس کاوشگر متصل به نانو ذرات طلا

باکتری pseudomonas syringae یکی از گونه های مهم در بین باکتری های بیماریزا گیاهی را شامل می شود. اقدامات پیش گیرانه برای کنترل تلفیقی باکتری های پاتوژن گیاهی، شامل استفاده از مواد گیاهی عاری از عامل بیماری زا، رشد گیاهان در خاک یا بستر عاری از عوامل بیماریزا است. پیاده سازی چنین اقداماتی نیاز به روش های تشخیص با حساسیت، اختصاصی بالا و مطمئن می باشد. برای تشخیص باکتریها در مواد گیاهی، خاک، آب و یا منابع دیگر بیشتر از تکنیک های سرولوژیکی استفاده می شود. اما به دلیل محدودیتهای این روش، از جمله هزینه و وقت زیاد، روشهای مبتنی بر اسیدهای نوکلئیک پایدار، سریع و اختصاصی هستند. در طول چند سال گذشته، روش های مولکولی، عمدتا بر اساس روش pcr بعد از استخراج اسیدهای نوکلئیک از نمونه ها، تشخیص سریعتر و قابل اطمینان تری از باکتری ها امکان ساخته است. استفاده از بیوسنسورها با تغییر بازهای اولیگونکلئوتید و تولید سیگنالهای الکتریکی مفید برای تشخیص سریع، آسان و ارزان در پاتوژنهای انسانی، حیوانی و گیاهی می توان نام برد که ضمن سریع، کم حجم و ساده کردن تشخیص، امکان اتوماتیک کردن سیستم به صورت میکروچیپ نیز وجود دارد. در این تحقیق برای شناسایی گونه pseudomonas syringae ژن hrcv برای طراحی پرایمر و کاوشگرهای متصل به نانو ذرات طلا مورد استفاده قرار گرفت. تکثیر قطعه به اندازه bp 440 ، با حساسیت شناسایی 2 نانو گرم در میکرولیتر از غلظت ژنوم در 11 پاتوار از 13 پاتوار مورد مطالعه مشاهده گردید که نشان دهنده اختصاصیت بالای 85 درصد می باشد. به نظر میرسد نسبت به روش های بیو شیمیایی از حساسیت، اختصاصیت و سرعت بیشتری برخورد می باشد. در این تحقیق همچنین از گاوشگرهای متصل به نانو ذرات طلا با قطر در حدود 13 نانو متر نیز استفاده گردید. بعد از تکثیر ژن hrcv و طراحی کاوشگرهای متصل به نانو ذرات طلا از روی توالی آن و بعد از هیبریداسیون کاوشگرها و محصول قطعه تکثیر یافته شده با pcr ، تغییرات طول موج بین بین 400 تا 600 نانومتر مورد بررسی قرار گرفت و بیشترین تغییر در طول موج 520 نانو متر مشاهده گردید. همچنین تغییر رنگ از قرمز به ارغوانی مربوط به گاوشگرهای متصل به نانو ذرات طلا در11پاتوار از 13 پاتوار باکتری pseudomonas syringae تکثیر یافته با pcr مشاهده گردید. به نظر می رسد که این روش، روشی سریع با اختصاصیت بالا نسبت به روشهای مولکولی و بیوشیمیایی می باشد.